Dopo aver premuto il pulsante Nuovo messaggio PEC dalla finestra di scelta degli indirizzi (vedi Creazione messaggio), viene visualizzata la finestra che, oltre a scrivere/modificare, eventualmente anche in maniera formattata, il testo del messaggio, permette altre operazioni. Se era stato scelto un modello messaggio relativo al deposito amministrativo (al TAR o al Consiglio di Stato), non è possibile indicare il mittente e il destinatario: essi vengono ricavati automaticamente dall'allegato inserito (vedi sotto).
Il formato del messaggio (HTML, testo normale) viene proposto a seconda del modello messaggio scelto (in assenza di quest'ultimo viene proposto comunque HTML).
Nel campo Da vengono elencati solo gli accounts che l'operatore è autorizzato ad utilizzare, mentre i destinatari della PEC (campi A e CC) possono essere aggiunti manualmente, scrivendo direttamente l'indirizzo, o tramite il pulsante Destinatario (vedi sopra). Su un destinatario, facendo un clic con il mouse, può essere verificato l'indirizzo i con i vari registri o spostato nel campo CC, mentre può essere eliminato, premendo la X a destra dell'indirizzo.
L'oggetto deve essere compilato e contenere almeno cinque caratteri, mentre gli allegati possono essere aggiunti tramite i pulsanti presenti nella parte superiore della finestra (pulsanti Allegato da struttura e Allegato da file, con quest'ultimo, non in presenza di un deposito amministrativo, è possibile selezionare più file); successivamente, con un semplice clic del mouse, si aprono, mentre si eliminano come spiegato sopra.
Se si sta effettuando un deposito amministrativo, è possibile inserire un solo allegato in formato .pdf e viene controllato che questo contenga il modulo depositabile, dal quale possono anche essere prelevati gli indirizzi del mittente e del destinatario. Vengono effettuati anche altri controlli (per esempio, la dimensione che non può essere superiore ai 30 Mb, il fatto che sia firmato digitalmente).
È possibile inviare un messaggio PEC anche senza testo; eccetto per i depositi amministrativi, si viene comunque avvisati tramite un messaggio a video.
Se, dopo aver premuto il pulsante Invia PEC, l'invio va a buon fine, appare la finestra Salvataggio documento, con il quale il messaggio viene salvato nella struttura gerarchica.